この前の火曜日に実験報告があったわけなんですよ。
正直なところ、figの数もDの学生としては恥ずかしいながらも非常に少ないことから30分くらいで終わるのではないかと思っていたんです。
（今年からその日のセミナーで実験報告の場合3人が発表することになったので推奨発表時間は40分です。ちなみに去年までは1時間。）
ところが終わってみたら1時間40分。なんだそれ。
全体を通して、figのクオリティがだめすぎる（他人に見せるレベルではない）とか実験の意図がわからないとかそんな感じ。
というわけで、ぼくには有益な時間だったけど、その他の人には無益な時間を過ごさせてしまって申し訳なかったというところなのでしょうか。ともかく、今やっている仕事が確固とした方向性と結果をなかなか得ることができないからこういうテンションの低い状態になっているわけなので、手元にあるしょぼい結果でまとめるという話もでてきましたよということ。
正直なところ、figの数もDの学生としては恥ずかしいながらも非常に少ないことから30分くらいで終わるのではないかと思っていたんです。
（今年からその日のセミナーで実験報告の場合3人が発表することになったので推奨発表時間は40分です。ちなみに去年までは1時間。）
ところが終わってみたら1時間40分。なんだそれ。
全体を通して、figのクオリティがだめすぎる（他人に見せるレベルではない）とか実験の意図がわからないとかそんな感じ。
というわけで、ぼくには有益な時間だったけど、その他の人には無益な時間を過ごさせてしまって申し訳なかったというところなのでしょうか。ともかく、今やっている仕事が確固とした方向性と結果をなかなか得ることができないからこういうテンションの低い状態になっているわけなので、手元にあるしょぼい結果でまとめるという話もでてきましたよということ。
PCRのバンドと眠りの関係
2004年5月25日 学校・勉強最近、頻繁にPCRをかけているせいか、夢にまでエチブロで染めたPCRのバンドがでてきたよ。しかも、そのレーン構成が今日チェックするサンプルと一緒でかなりびっくりだよ。
（結果までかなりリアルな感じだったし。）
追記
その同じ実験をやってみると、夢とはかなり結果が違いました。
夢で正しい結果がでるように精進しなければ。。。
（結果までかなりリアルな感じだったし。）
追記
その同じ実験をやってみると、夢とはかなり結果が違いました。
夢で正しい結果がでるように精進しなければ。。。
4月19日まで読んでた論文
2004年4月19日 学校・勉強Dev Cell. 2004 Apr;6(4):525-38.
Clathrin Adaptor epsinR Is Required for Retrograde Sorting on Early Endosomal Membranes.
Saint-Pol A et al.
Clathrin microdomainの多機能さを味わうという話。
というか、TGNとendosomeでのtrafficはTGN→endosomeについてはメジャーな話なのだろうけれど、endosome→TGNについては勉強したことなかったので新鮮でしたよ。勉強したことない割には、プレゼンのときは勝手にendosome⇔TGNみたいに両方向の矢印を描いたりするのですが。。。
まさにendosomeはsorting stationということなんだなあ。
Clathrin Adaptor epsinR Is Required for Retrograde Sorting on Early Endosomal Membranes.
Saint-Pol A et al.
Clathrin microdomainの多機能さを味わうという話。
というか、TGNとendosomeでのtrafficはTGN→endosomeについてはメジャーな話なのだろうけれど、endosome→TGNについては勉強したことなかったので新鮮でしたよ。勉強したことない割には、プレゼンのときは勝手にendosome⇔TGNみたいに両方向の矢印を描いたりするのですが。。。
まさにendosomeはsorting stationということなんだなあ。
Pubmedがない頃はどうしていたのだろうか。
2004年4月17日 学校・勉強すごくPubmedは便利なサイトなのですが、例えばubiquitinみたいな多方面で活躍されている蛋白質について引こうと思ったときに、なかなか目的の分野での活躍に出会えないことが往々にしてあるわけです。
http://d.hatena.ne.jp/alchymia/20040402
「錬金術師の苦悩」より
このサイトすごい便利！ますますPubmedを利用する感じですよ。
Clustermed
http://vivisimo.com/clustermed
http://d.hatena.ne.jp/alchymia/20040402
「錬金術師の苦悩」より
このサイトすごい便利！ますますPubmedを利用する感じですよ。
4月5日に読んだ論文。
2004年4月5日 学校・勉強Nat Cell Biol. 2004 Mar;6(3):244-51
Interactions of GGA3 with the ubiquitin sorting machinery.
Puertollano R. et al.
どうせTGNとかの話なんだろーと思って放置していたものを読んでみる。最初は「ふんふん。なるほどねー。でもこの程度ならJBCなんじゃないの？」みたいな感じで調子のってました。でもFigure 4でたまげました。ごめんなさい。もう偉そうにはしません。。。そりゃNCBだわ。
追記
sequenceをよく見てたらTSG101の認識配列であるPSAP motifがありました。。。
だけど、だとしたら何故L276Aのmutantで結合が落ちるのだろう？謎。
あとredundancyがないことをFigure 2で断定しているけれどTSG101との結合についてはどうなんだろう。まー結合しないんだろうけれど。
Interactions of GGA3 with the ubiquitin sorting machinery.
Puertollano R. et al.
どうせTGNとかの話なんだろーと思って放置していたものを読んでみる。最初は「ふんふん。なるほどねー。でもこの程度ならJBCなんじゃないの？」みたいな感じで調子のってました。でもFigure 4でたまげました。ごめんなさい。もう偉そうにはしません。。。そりゃNCBだわ。
追記
sequenceをよく見てたらTSG101の認識配列であるPSAP motifがありました。。。
だけど、だとしたら何故L276Aのmutantで結合が落ちるのだろう？謎。
あとredundancyがないことをFigure 2で断定しているけれどTSG101との結合についてはどうなんだろう。まー結合しないんだろうけれど。
博士課程にあがったことだし、少しは勉強をしているのだということで、たまに読んだ論文を取り上げていこうと思うわけです。
EMBO J. 2004 Mar 18
Ubiquitin interactions of NZF zinc fingers.
Alam SL. et al.
NZF domainとubiquitinとの複合体の結晶構造解析。気になるのは最後のFigure 6Bで、何でVps22について見ているのだろう？Vps22とVps36が結合して複合体を作るのは周知の事実なわけで、強固な複合体を形成するからUbで落とすとVps22まで見えますよということ？
多分、このFigureにはVps22単体ではubiquitinと結合できないというcontrolが必要だと思うのだが。
まあ、Figure6Cがいけてるからいいのか。
EMBO J. 2004 Mar 18
Ubiquitin interactions of NZF zinc fingers.
Alam SL. et al.
NZF domainとubiquitinとの複合体の結晶構造解析。気になるのは最後のFigure 6Bで、何でVps22について見ているのだろう？Vps22とVps36が結合して複合体を作るのは周知の事実なわけで、強固な複合体を形成するからUbで落とすとVps22まで見えますよということ？
多分、このFigureにはVps22単体ではubiquitinと結合できないというcontrolが必要だと思うのだが。
まあ、Figure6Cがいけてるからいいのか。
先日の日記に書きました、「BclIで抜けない」という話ですが、多方面から指摘がありました。
メチル化受けると切れないよ。と。
無鉄砲に実験やるのはよくないね。関係者の皆様ご指導ありがとうございました。
追記：このコンストラクトは、同時に並行して作製している別のベクターでQuikchangeをかけられたら必要な部分だけ抜いて流用しようと思っています。
メチル化受けると切れないよ。と。
無鉄砲に実験やるのはよくないね。関係者の皆様ご指導ありがとうございました。
追記：このコンストラクトは、同時に並行して作製している別のベクターでQuikchangeをかけられたら必要な部分だけ抜いて流用しようと思っています。
